AJUDA LePMA (Learning Progressive Multiple Alignment)

    Aquesta es una aplicació docent que s'encarrega de mostrar tots els pasos intermitjos i resultats parcials d'un procés d'alineament múltiple de seqüències d'ADN, juntament amb el cluster resultant d'aquest alineament.

1. Interfície
interface


2. Funcionament del programa
    2.1. En primer lloc, cal introduir les seqüències en format Fasta* a l'àrea d'entrada de dades i donar el valor als camps GAP, MATCH i MISSMATCH.
           Per donar sentit biològic als alineaments s'hauria de cumplir que:
               MATCH > MISSMATCH > 2*GAP
    2.2. Procedir a l'execució del primer pas de l'alineament apretant el botó 'Iniciar'. Després d'aquest primer pas obtindrem, per una banda, la matriu de puntuacions* amb les similituds entre cada parell de seqüències introduïdes i, per altra banda, la llista de seqüències a partir de la qual s'anirà generant l'arbre guia (o dendograma)* resultant dels succecius alineaments.
           Si cliquem a un valor de la matriu de puntuacions* obtindrem la matriu de similitud* a partir de la qual s'ha obtingut el valor consultat i podrem obrir l'aplicació LePA per a veure pas a pas com s'obté aquesta matriu de similitud*.
           Si cliquem sobre qualsevol nom de seqüència o cluster a l'arbre guia* obtindrem el cluster en qüestió (serà una de les seqüències inicials si encara estem al primer pas o un cluster resultant dels successius alineaments si estem en un pas posterior). Si estem en un pas posterior tindrem l'oportunitat d'obrir l'aplicació LeCA mitjançant un botó per a veure pas a pas com s'obté el cluster fent servir l'algorisme d'alineament en grup.
    2.3. Procedir al següent pas de l'alineament apretant al botó 'Següent' i observar l'evolució de l'arbre guia (o dendograma)* i l'aparició de les noves matrius de puntuacions*.
    2.4. Repetir el pas 3 fins la finalització de l'alineament o obtenir el resultat final de cop clicant el botó 'Acabar'.

Notes:
    a) A partir del segon pas, a les matrius de puntuacions* només es poden apretar els nous valors resultants de l'alineament previ, tot obtenint la fórmula d'aproximació aplicada en cada cas.
    b) Apretant el botó arrel de l'arbre guia* resultant de l'últim pas de l'alineament podrem obtenir el resultat final (el cluster resultant de l'alineament múltiple desitjat).

    * Aquests termes estan defininits al apartat de 'Conceptes'.