AJUDA D'ALINEAMENT DE CLUSTERS D'ADN
1. La interfície d'usuari
La interfície d'usuari està formada per 4 parts, tal i com es pot veure a la imatge
següent:
2. Com inserir les dades
A l'esquerra s'introdueixen les dades, és a dir, les seqüències d'adn. Aquestes
tenen el format habitual: A, C, G, T i el que es denomina GAP (una posició buida).
Per tal d'inserir diverses seqüències només haurem de separar-les mitjançant espais
o amb la tecla de retorn.Si ens equivoquem o volem esborrar-ho tot, només haurem
de prémer el botó de supressió.
Després d'inserir les dades premem el botó d'inici i ens sortiran les finestres amb
els alineaments.
3. Com visualitzar els resultats
Els resultats es visualitzen a la finestra de sortida de dades. Si fem clic sobre la
barra que és a sobre de la casella de sortida de dades, o bé l'arrosseguem, podem
fer-la més gran.
4. Com s'interpreten les dades
Tenim tres taules amb valors. A la taula anomenada Perfil hi tenim els valors dels
perfils que s'han obtingut dels dos clusters. Els valors ens indiquen el nombre de
nucleòtids que tenim, per exemple:
Perfil 0 : 20104; vol dir que tenim en aquest perfil dos A's, cap C, una G, cap T i
quatre GAPs, tenint en compte que poden no tenir aquest ordre. L'ordre original
queda reflectit a la taula de dades final.
Les altres dues taules ens indiquen els alineaments d'aquests perfils. A la taula de
valors hi tindrem els valors de la comparació (que poden ser diferents depenent
dels paràmetres) i a la taula de camins obtenim els camins o alineaments que es van
formant. En ambdues taules existeix la possibilitat de veure els resultats a poc a poc
(botó diagonal) o veure els resultats finals (botó completar) encara que aquests
resultats no contenen el/s camí/ins òptims. Per fer això haurem de prémer el botó de
resultats.
Els resultats que surten en prémer aquest botó ens indiquen el/s millor/s camí/ins.
A la taula de camins es visualitzaran aquests camins de color vermell i en el panel de
sortida de dades es mostraran en forma d'alineament: cada parella de perfils amb la
millor puntuació.
5. Menú Arxiu -> Preferències
Al menú Arxiu, en triar l'opció preferències es visualitza una finestra que es divideix
en dues seccions.
A la primera meitat, anomenada Configurar paràmetres, hi podem inserir els nous
paràmetres d'alineament. Després de modificar-los, fem clic sobre Acceptar. Els nous
paràmetres només tindran efecte a partir d'un nou alineament.
A la segona meitat, anomenada Configurar aplicació, disposem de dues opcions:
la selecció de l'idioma i de l'aspecte "Look and feel".
Hi ha cinc idiomes disponibles: català, castellà, anglès, alemany i portuguès. Quant
a l'aspecte, podem triar entre: metal, motif o windows.