AYUDA LePMA (Learning Progressive Multiple Alignment)

    Esta es una aplicación docente que se encarga de mostrar todos los pasos intermedios i resultados parciales de un proceso de alineamiento múltiple de secuencias de ADN, juntamente con el clúster que resulta de este alineamiento.

1. Interficie
interface


2. Funcionament del programa
    2.1. En primer lugar se deben introducir las secuencias en formato Fasta* en el área de entrada de datos i dar valor a los campos GAP, MATCH i MISSMATCH.
           Para dar sentido biológico a los alineamientos se deberia cumplir que:
               MATCH > MISSMATCH > 2*GAP
    2.2. Proceder a la ejecución del primer paso del alineamiento apretando el botón 'Iniciar'. Después de este primer paso obtendremos, por un lado, la matriz de puntuaciones* con las similitudes entre cada par de secuencias introducidas i, por otro lado, la lista de secuencias a partir de la cual se irá generando el árbol guía (o dendograma)* resultante de los sucesivos alineamientos.
           Si pulsamos sobre un valor de la matriz de puntuaciones* obtendremos la matriz de similitud* a partir de la cual se ha obtenido el valor consultado y podremos abrir la aplicación LePA que nos permitirá ver paso a paso como se obtiene esta matriz de similitud*.
           Si apretamos sobre cualquier nombre de secuencia o clúster del árbol guía* obtendremos el clúster en cuestión (será una de las secuencias introducidas inicialmente si todavía estamos en el primer paso, o un clúster resultante de los sucesivos alineamientos si estamos en un paso posterior). Si estamos en un paso posterior tendremos la oportunidad de abrir la aplicación LeCA mediante un botón para ver paso a paso como se obtiene el cluster mediante el algoritmo de alineamiento en grupo.
    2.3. Proceder al siguiente paso del alineamiento pulsando el botón 'Siguiente' i observar la evolución del árbol guía (o dendograma)* i la aparición de las nuevas matrices de puntuaciones.
    2.4. Repetir el paso 3 hasta la finalización del alineamiento u obtener el resultado final de golpe pulsando el botón 'Acabar'.

Notas:
    a) A partir del segundo paso, en las matrices de puntuaciones* solo se pueden pulsar los nuevos valores resultantes del alineamiento que se ha producido justo en el paso anterior, obteniendo la fórmula de aproximación aplicada en cada caso.
    b) Pulsando en el clúster raíz del árbol guía* resultante del último paso del alineamiento podremos obtener el resultado final (el clúster resultante del alineamiento múltiple deseado).

    * Todos estos términos estan explicados en el apartado de 'Conceptos'.