AJUDA LePMA (Learning Progressive Multiple Alignment)
Aquesta es una aplicació docent que
s'encarrega de mostrar tots els pasos intermitjos i resultats
parcials d'un procés d'alineament múltiple de seqüències d'ADN,
juntament amb el cluster resultant d'aquest alineament.
1. Interfície
2. Funcionament del programa
2.1.
En primer lloc, cal introduir les seqüències en
format Fasta* a l'àrea
d'entrada de dades i donar el valor als camps GAP, MATCH i
MISSMATCH.
Per donar sentit biològic als alineaments s'hauria de cumplir que:
MATCH > MISSMATCH > 2*GAP
2.2. Procedir a l'execució del primer
pas de l'alineament apretant el botó 'Iniciar'. Després d'aquest
primer pas obtindrem, per una banda, la matriu de puntuacions* amb
les similituds entre cada parell de seqüències introduïdes i,
per altra banda, la llista de seqüències a partir de la qual
s'anirà generant l'arbre guia (o dendograma)* resultant dels
succecius alineaments.
Si cliquem a un valor de la matriu de puntuacions* obtindrem la
matriu de similitud* a partir de la qual s'ha obtingut el valor
consultat i podrem obrir l'aplicació LePA per a veure pas a pas com
s'obté aquesta matriu de similitud*.
Si cliquem sobre qualsevol nom de seqüència o cluster a l'arbre
guia* obtindrem el cluster en qüestió (serà una de les
seqüències inicials si encara estem al primer pas o un cluster
resultant dels successius alineaments si estem en un pas posterior).
Si estem en un pas posterior tindrem l'oportunitat d'obrir l'aplicació
LeCA mitjançant un botó per a veure pas a pas com s'obté el cluster
fent servir l'algorisme d'alineament en grup.
2.3. Procedir al següent pas de
l'alineament apretant al botó 'Següent' i observar l'evolució de
l'arbre guia (o dendograma)* i l'aparició de les noves matrius de
puntuacions*.
2.4. Repetir el pas 3 fins la
finalització de l'alineament o obtenir el resultat final de cop
clicant el botó 'Acabar'.
Notes:
a) A partir del segon pas, a les
matrius de puntuacions* només es poden apretar els nous valors
resultants de l'alineament previ, tot obtenint la fórmula
d'aproximació aplicada en cada cas.
b) Apretant el botó arrel de
l'arbre guia* resultant de l'últim pas de l'alineament podrem
obtenir el resultat final (el cluster resultant de l'alineament
múltiple desitjat).
*
Aquests termes estan defininits al apartat de 'Conceptes'.